Forte d'une tradition d'éducation à l'environnement bientôt centenaire, Pro Natura s'engage activement dans ce domaine. La division Education à l'environnement propose par les projets école, les groupes Jeunes + Nature et les deux centres Aletsch et Champ-Pittet des activités scolaires et extra-scolaires. L'orientation des activités est déterminée par les thèmes et campagnes choisis par Pro Natura. Pour les écoles (principalement au niveau primaire et secondaire), Pro Natura met sur pied des campagnes thématiques de sensibilisation, publie du matériel didactique, organise des excursions guidées et conseille les enseignants. Les centres valorisent les thèmes principaux de leur programme au travers des nombreuses manifestations proposées au public (expositions, cours, excursions, événements culturels). Les groupes jeunesse répartis sur l'ensemble de la Suisse organisent des sorties, camps, jeux, bricolages etc.